明末清初，昆山、弋阳和乱弹等腔已流行于桂林一带。

清雍正年间（1723-1735），桂林已有独秀班等昆班。清乾隆年间（1736-1795），又有湖南祁阳班频繁到桂林演出。祁阳班在桂林演出期间受广西官话（桂林话）影响，逐渐改变语音。一部分祁剧艺人落户桂林后，开始用桂林话演唱祁阳戏，时人称为桂林班，后人即称之为桂剧。最早的桂剧班社，有清道光年间（1821-1850）唱多种声腔的三合、三庆等名班，之后又有瑞华、老仁和、上升、卡斌、锦华等班。从光绪八年（1882）开始，桂林各地相继出现宝华群英、翠华、兰斌小社等桂剧科班，自此桂剧与祁剧逐渐分野，但桂剧与祁剧艺人时有相互搭班演出，相互聘师传授技艺。由于戏路接近、语音相似，祁、桂艺人长期同台、同剧演出，使桂剧声腔、演技深受影响，发展日臻成熟。桂剧剧本的创作可追溯到光绪二十二年(1896)，唐景崧为“桂林春班”撰写《看棋亭杂剧》40出，成为桂剧第一批独有剧目。

第一个桂剧女科班福珍园创办于1912年，直至二十世纪二十年代女科班兴起，培养了一大批女演员，尤其是和园甲、乙两个女科班对桂剧发展影响较大。之后男女科班达30多所，为桂剧培养了不少人才。

光绪二十八年（1902年），桂林建立起第一个戏院--景福园，之后又相继建起和园、仪园戏院。从此，桂剧逐渐进入剧场作固定性的演出。这些戏院竞争相去天津、上海等地聘请京剧演员来桂林演出，自此京剧不断流入，在剧目、表演、化妆、服饰、布景等方面，京剧艺术对桂剧的改革产生了很大影响。

1938年后，著名戏剧家欧阳予倩应聘来到桂林从事桂剧改革工作，建立了广西戏剧改进会；1939年成立桂剧实验剧团，由欧阳予倩任团长，建立导演制，吸收新唱腔，编演新剧目，采用布景，美化舞台，开办桂剧学校，使桂剧有了新的起色。30年代末40年代初，欧阳予倩为桂剧创作、改编和加工整理一大批新剧目如《梁红玉》、《打金枝》、《断桥》等，并经他指导排练，参加1944年西南剧展展演，效果极佳，广获好评，桂剧从此进入中国十大戏曲剧种行列。

中华人民共和国成立后，桂剧进入新的历史时期。1953年，广西省国营桂剧艺术团成立，为传统剧目的挖掘整理和艺术改革，做了大量的工作。此后一段时期桂剧在桂林、柳州两市及北部较大县镇普遍设立了专业剧团。二十世纪五十年代是桂剧的黄金时代，广西省桂剧艺术团带《西厢记》、《春香传》等剧到湖南、上海、广东等地演出，演出剧目除大量移植各地优秀剧目外，还有许多经整理、改编的传统剧目。与此同时，广西各地也出现一批较好的剧目，如《拾玉镯》、《穆桂英》、《太白傲考》、《闹严府》、《打棍出箱》等，成为各地经常上演的剧目。“文化大革命”（1966-1975年）期间，传统剧目停演，县一级的桂剧团全部撤消，省、市桂剧团上演《红灯记》等“革命样板戏”。1976年以后桂剧逐渐复苏，学习、移植了一批古装戏，如《十五贯》、《西厢记》、《小刀会》，还先后创作了历史剧《太平军》、《永安城》、《闯王司法》、和现代戏《儿女亲事》、《一朵鲜花》等。