明末清初，昆山、弋阳和乱弹等腔已流行于桂林一带。

清雍正年间，桂林已有独秀班等昆班。清乾隆年间，又有湖南祁阳班频繁到桂林演出。祁阳班在桂林演出期间受广西官话（桂林话）影响，逐渐改变语音。一部分祁剧艺人落户桂林后，开始用桂林话演唱祁阳戏，时人称为桂林班，后人即称之为桂剧。最早的桂剧班社，有清道光年间唱多种声腔的三合、三庆等名班，之后又有瑞华、老仁和、上升、卡斌、锦华等班。从光绪八年开始，桂林各地相继出现宝华群英、翠华、兰斌小社等桂剧科班，自此桂剧与祁剧逐渐分野，但桂剧与祁剧艺人时有相互搭班演出，相互聘师传授技艺。由于戏路接近、语音相似，祁、桂艺人长期同台、同剧演出，使桂剧声腔、演技深受影响，发展日臻成熟。桂剧剧本的创作可追溯到光绪二十二年，唐景崧为“桂林春班”撰写《看棋亭杂剧》40出，成为桂剧第一批独有剧目。

第一个桂剧女科班福珍园创办于1912年，直至二十世纪二十年代女科班兴起，培养了一大批女演员，尤其是和园甲、乙两个女科班对桂剧发展影响较大。之后男女科班达30多所，为桂剧培养了不少人材。

光绪二十八年，桂林建立起第一个戏院――景福园，之后又相继建起和园、仪园戏院。从此，桂剧逐渐进入剧场作固定性的演出。这些戏院竞争相去天津、上海等地聘请京剧演员来桂林演出，自此京剧不断流入，在剧目、表演、化妆、服饰、布景等方面，京剧艺术对桂剧的改革产生了很大影响。